home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00374 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  3.8 KB  |  76 lines
  1. *************************
  2. * Ets-domain signatures *
  3. *************************
  4.  
  5. Avian leukemia virus E26 is a replication defective  retrovirus that induces a
  6. mixed erythroid/myeloid leukemia in chickens.  E26 virus  carries two distinct
  7. oncogenes, v-myb and v-ets.  The ets portion  of this oncogene is required for
  8. the induction of erythroblastosis. V-ets and c-ets-1, its cellular progenitor,
  9. have been shown [1] to be nuclear DNA-binding proteins. Ets-1 differs slightly
  10. from v-ets at its carboxy-terminal region.   In most species where it has been
  11. sequenced, c-ets-1   exists  in  various  isoforms  generated  by  alternative
  12. splicing and differential phosphorylation.
  13.  
  14. A number  of  proteins,  that  share regions of similarity with v-ets/c-ets-1,
  15. have been found and are listed below:
  16.  
  17.  - Ets-2,  which  has  been   sequenced  in  mammals,  chicken,  Xenopus   and
  18.    Drosophila.
  19.  - Human elf-1, a transcription factor that appears to be  required for the T-
  20.    cell-receptor-mediated trans activation of HIV-2 genes.
  21.  - Human elk-1, which forms a  ternary  complex with the serum response factor
  22.    (SRF).
  23.  - Human erg.
  24.  - Human SRF accessory protein 1 (SAP-1), which forms a  ternary  complex with
  25.    the serum response factor (SRF).
  26.  - Mouse Fli-1, a sequence specific transcriptional activator.
  27.  - Adenovirus E1A enhancer-binding protein (E1A-F) (PEA3).
  28.  - PU.1 (also known as Spi-1), a protein that binds to a purine-rich sequence,
  29.    the PU-box, that can act as a lymphoid-specific enhancer.  PU.1 is probably
  30.    a transcriptional  activator  that  may  be  specifically  involved  in the
  31.    differentiation or activation of macrophages or B cells. In mouse, Spi-1 is
  32.    an oncogene involved in murine acute friend erythroleukemia.
  33.  - Spi-B, a transcription factor that binds the PU-box.
  34.  - GA binding protein (GAPB) alpha subunit.  GAPB  is  a  transcription factor
  35.    capable of interacting with purine rich repeats (GA repeats).
  36.  - Drosophila protein elg-1.
  37.  - Drosophila protein yan,  which  is  a  negative  regulator of photoreceptor
  38.    development.
  39.  - Drosophila ecdysone induced protein 74E.
  40.  
  41. All these  proteins  contain  a  conserved domain, the 'ETS-domain', [2,3,4,5]
  42. involved in    DNA-binding. It seems to  recognize  purine-rich sequences [5].
  43. This domain, of about 85 to 90 amino acids, is rich in aromatic and positively
  44. charged residues.  It is generally localized at the C-terminus of the protein,
  45. with the  exception  of  elf-1,  elk-1  and  SAP-1 where it is found at the N-
  46. terminus.
  47.  
  48. We have derived two signature patterns for the ETS-domain.  The  first  one is
  49. based on a highly conserved region in the N-terminal part of the domain, while
  50. the second is based on a region in the second third of the domain.
  51.  
  52. -Consensus pattern: L-[FYW]-[QED]-F-L-[LVQK]-x-[LI]-L
  53. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  54. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  55.  
  56. -Consensus pattern: [RKH]-x(2)-M-x-Y-[DENQ]-x-[LIVM]-[STAG]-R-[STAG]-[LI]-R-x-
  57.                     Y
  58. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  59. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  60.  
  61. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  62.  
  63. [ 1] Reddy E.S.P., Rao V.N.
  64.      Cancer Res. 50:5013-5016(1990).
  65. [ 2] Karim F.D., Urness L.D., Thummel C.S., Klemsz M.J., McKercher S.R.,
  66.      Celada A., van Beveren C., Maki R.A., Gunther C.V., Nye J.A., Graves B.J.
  67.      Genes Dev. 4:1451-1453(1990).
  68. [ 3] McLeod K., Leprince D., Stehelin D.
  69.      Trends Biochem. Sci. 17:251-256(1992).
  70. [ 4] Laudet V., Niel C., Duterque-Coquillaud M., Leprince D., Stehelin D.
  71.      Biochem. Biophys. Res. Commun. 190:8-14(1993).
  72. [ 5] Wasylyk B., Hahn S.L., Giovane A.
  73.      Eur. J. Biochem. 211:7-18(1993).
  74. [ 6] Wang C.-Y., Petryniak B., Ho I.-C., Thompson C.B., Leiden J.M.
  75.      J. Exp. Med. 175:1391-1399(1992).
  76.